El primer nivel está constituido por las 12 maternidades del Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, los tres hospitales pediátricos y los Servicios de Neonatología, responsables de la toma de la muestra de sangre del recién nacido y de dar información a los padres sobre el programa y sus alcances.
El segundo nivel, constituido por cinco laboratorios de Pesquisa, tiene la función de realizar las determinaciones y analizar los resultados.
El tercer y último nivel, constituido por cuatro Servicios de Endocrinología y dos Servicios de Nutrición, tiene por objetivo el seguimiento y posterior tratamientos de los pacientes.
Este programa estatal, que se lleva a cabo en el 99% de los recién nacidos en las 12 maternidades de los hospitales de la Ciudad y en los 3 hospitales pediátricos, estudió desde el año 2000, 187.327 recién nacidos, más de 131.000 madres y detectó un total de 933 bebés con problemas.